Protože používáte Tomcat, představuji si, že nejlepším způsobem přístupu k databázi by bylo napsat webovou službu, která se stará o komunikaci mezi aplikací a serverem.
Webová služba bude napsána v jazyce Java, aby mohla běžet na TomCat pomocí JSP.
Hádám, že se snažíte komunikovat přímo s databází MySQL (tj. spouštět SQL příkazy na databázi přímo), ale nemyslím si, že to dokážete (ačkoli jsem to nikdy nezkoušel ani se do toho nedíval), vždy jsem byl pod dojem, že potřebujete nějaký kód na serveru, abyste seděli mezi tím.