Ne.
Rozšíření MySQL a MySQLi jsou „ovladače“, které se starají o komunikaci mezi PHP a databázovým serverem MySQL;
nedělají změnit rozsah SQL příkazů, kterým server MySQL rozumí.
Dokud se tedy abstrakční vrstva DB stará o to, jaké funkce PHP mají pro váš účel použít (a framework jako CI by to zcela jistě měl dělat), není se čeho obávat, pokud jde o skutečné dotazy.