Pravděpodobně šlo o poškození dat InnoDB. Přidal jsem
innodb_force_recovery = 2
na my.ini, restartoval jsem DB a mohl jsem vypsat všechna data a obnovit je.
Buďte si vědomi toho, že toto používáte, dříve si přečtěte dokumentaci: http://dev.mysql.com/doc/refman/5.7/en/forcing-innodb-recovery.html