Možná budete moci provést nějaký druh synchronizace dat pomocí spouštěčů (pokud je vaše verze mysql podporuje). Umožňují vám spouštět malé úryvky SQL v určitých bodech, například po vložení nebo odstranění dat z tabulky.
Například...
create trigger TRIGGER_NAME after insert on INNODB_TABLE
insert into MYISAM_TABLE select * from INNODB_TABLE
where id = last_insert_id();
... Kdykoli jsou data vložena do tabulky INNODB, stejná data jsou automaticky vložena do tabulky MYISAM.