Zde je způsob, jak jsem to udělal:
map_ids = session.query(Table1.map_id). \
filter(Table1.xxxx == 'xxx_value')
q = session.query(Table2). \
filter(Table2.map_id.in_(map_ids.subquery()))
q.delete(synchronize_session=False)
Klíčem je zde vytvořit poddotaz nalezením ID, které je třeba odstranit. Poté pomocí operátoru 'in_' vyberete záznamy, které mají být smazány. 'synchoronize_session=False' provede dotaz bez aktualizace relace. To poskytuje nejlepší zvýšení výkonu.