Spojit tabulku v závislosti na hodnotě sloupce v hlavní tabulce

Něco jako

SELECT *
FROM notificationTable notification   
LEFT JOIN commentTable comment
ON (notification.typeID = comment.ID AND notification.type == 'comment')
LEFT JOIN evenTable event
ON (notification.typeID = event.ID AND notification.type == 'accept')
WHERE notification.userID = 2

Ale důrazně doporučuji přepracovat váš systém, abyste se vyhnuli polymorfnímu vztahu...