Narazil jsem na stejný problém s vaším a našel jsem toto MySQLConnection – určení výchozího časového limitu příkazu .
Stačí přidat „výchozí časový limit příkazu =xxx" do vašeho connectString, hodnota tohoto klíče je v sekundách.
Zkoušel jsem a fungovalo to pro mě.