Pravděpodobně existuje nějaký způsob, jak to udělat přes MySQL, ale snadný (a spolehlivý) způsob je použití microtime
PHP funkce, která vrací aktuální čas v milisekundách.
Nějaký příklad kódu:
$sql = '...';
$msc = microtime(true);
mysql_query($sql);
$msc = microtime(true)-$msc;
echo $msc . ' s'; // in seconds
echo ($msc * 1000) . ' ms'; // in millseconds