Pokud chcete použít klauzuli WHERE na výsledek UNION, musíte vložit UNION do klauzule FROM:
SELECT *
FROM (SELECT * FROM TableA
UNION
SELECT * FROM TableB
) AS U
WHERE U.Col1 = ...
Předpokládám, že TableA a TableB jsou kompatibilní s unií. Samozřejmě můžete také použít klauzuli WHERE na každý z jednotlivých příkazů SELECT v UNION.