Bohužel musíte ručně vyčistit neúspěšné migrace pro MySQL. MySQL nepodporuje změny definice transakční databáze.
Rails 2.2 obsahuje transakční migrace pro PostgreSQL. Rails 2.3 zahrnuje transakční migrace pro SQLite.
To vám nyní s vaším problémem opravdu nepomůže, ale pokud máte na výběr z databáze pro budoucí projekty, doporučuji použít databázi s podporou transakčního DDL, protože migrace je mnohem příjemnější.
Aktualizace – to platí i v roce 2017, na Rails 4.2.7 a MySQL 5.7, kterou uvedl Alejandro Babio v jiné odpovědi zde.