Ano, pokud chcete, můžete bez větších problémů vyměnit motory jako použité spodní prádlo. Stačí to změnit v phpmyadmin.
Ale neměnil bych to kvůli změně. Potřebujete používat cizí klíče? Změň to. Potřebujete zamykání na úrovni řádků místo zamykání tabulky? Změň to.
Stojí za zmínku, že existují také dobré důvody, proč používat MyISAM. Podívejte se na FULLTEXTOVÉ indexování. S InnoDB to nemůžete udělat.
AKTUALIZOVAT
Od MySQL 5.6 byl FULLTEXT implementován také pro tabulky InnoDB. Zde je příručka .