Měl jsem stejný problém, když jsem aktualizoval mysql server z 5.5 na 5.7 v Debianu 8 (jessie). Ve vzácných případech se to pravděpodobně stane, pokud provedete aktualizaci přímo a obcházíte sekvence verzí. (Mnoho lidí to dělá, ale takové upgrady nejsou oficiálně podporovány). V mém případě to fungovalo dobře, když jsem provedl příkaz níže:
mysql_upgrade --force -uroot -p
Doufám, že vám to pomůže