OK. Našel jsem řešení. Problém byl způsoben innodb_force_recovery parametr v my.cnf, který byl nastaven na 4.
Chcete-li problém vyřešit, nastavte na 0 nebo zcela odeberte tento parametr z my.cnf
Pokud zkontrolujete protokol chyb, během dotazu mysql zapíše v lidsky čitelném jazyce, že:Nedovolí vám nic změnit v tabulce, dokud není povolen režim obnovy innodb, přesně následující zpráva:
Viz: http://bugs.mysql.com/bug.php?id=30225