Zkuste hromadnou vložku zabalit do transakce.
START TRANSACTION
INSERT INTO `table_name` VALUES (data1), (data2), ..., (data1000);
COMMIT
To by mohlo zlepšit výkon, nejsem si jistý, jestli mySQL dokáže částečně odevzdat hromadné vložení (pokud to nedokáže, pak to pravděpodobně moc nepomůže)
Pamatujte, že i při 1,5 sekundě pro 30 000 záznamů, každý o velikosti ~1k, děláte 20 MB/s rychlostí odevzdání, můžete být ve skutečnosti omezeni v závislosti na vašem hardwarovém nastavení.
Doporučením by pak bylo prozkoumat SSD nebo změnit nastavení Raid nebo získat rychlejší mechanické disky (existuje spousta online článků o výhodách a nevýhodách používání SQL db namontovaného na SSD).