Můžete použít SET část LOAD DATA INFILE a nepotřebujete 0x escapování:
1, 1, 123456FF
2, 1, aabbcc
3, 1, ddeeff
A pak přiřadíte sloupec k proměnné a poté nastavíte sloupec na verzi této proměnné UNHEXed:
LOAD DATA INFILE 'file' INTO TABLE `table` (column1, column2, @var1)
SET column3 = UNHEX(@var1)