Zkuste použít model vnořené sady. Je to popsáno v Správa hierarchických dat v MySQL .
Velkou výhodou je, že k načtení podřízených uzlů nemusíte používat rekurzi a dotazy jsou docela jednoduché. Nevýhodou je, že vkládání a mazání zabere trochu více práce.
Také se opravdu dobře škáluje. Znám jeden extrémně obrovský systém, který ukládá hierarchie diskuzí pomocí této metody.