Samozřejmě existuje způsob:
set @counter = 0;
update table_name
set id = (@counter := @counter + 1);
UPRAVIT
Abyste se vyhnuli problémům s duplicitními klíči, můžete před dočasnou změnou aktuálních ID na záporné ekvivalenty spustit něco takového:
update table_name
set id = 0 - id;