Měli byste se vyhnout ukládání dat jako hodnoty oddělené čárkami a měli byste se řídit normalizací.
V tomto případě však můžete udělat něco jako
select
e.id ,
e.name ,
group_concat(d.name) from employee e
left join department d on find_in_set(d.id,e.department)
group by e.id ;