Zdá se, že problém je dostatečně přímočarý.
---TRANSACTION 7490, ACTIVE 3047 sec
MySQL thread id 189, OS thread handle 0x7f03be9fb700, query id 3840 10.0.2.1 root cleaning up
Trx read view will not see trx with id >= 7491, sees < 7491
---
Vlákno 189 (připojení klienta) je chvíli nečinné, ale nechalo spuštěnou transakci. Pravděpodobně jde o chybu v kódu, který používá databázi, protože nedává smysl nechat běžící transakci běžet téměř hodinu.
mysql> KILL 189;
To by mělo uvolnit zámek metadat... ale musíte zjistit, proč se to děje. Bad Things™ se stane, pokud se aplikace nebude chovat lépe než toto.
Také... vaše aplikace by se neměla připojovat jako root . Nesouvisí s problémem, ale není to dobré, pokud to je to, co to je.