Hádám, že používáte úložiště, které podporuje transakce (např. InnoDB), ale nevoláte db.commit() po DELETE. Pokud neprovedete potvrzení, efekt DELETE bude zahozen.
Viz http:// mysql-python.sourceforge.net/FAQ.html#my-data-disappeared-or-won-t-go-away :
Podívejte se také na tuto podobnou otázku SO:Aktualizační dotaz Python MySQLdb se nezdařil