Najděte nejnovější duplicitní ID pomocí MySQL

No, odpovídáš na svou otázku. Zdá se, že chcete max(id) :

SELECT email, COUNT(email) AS occurences, max(id)
FROM wineries
GROUP BY email
HAVING (COUNT(email) > 1);

Ostatní můžete smazat pomocí příkazu. Smazat pomocí join má složitou syntaxi, kde musíte nejprve uvést název tabulky a poté zadat from klauzule se spojením:

delete wineries
            from wineries join
            (select email, max(id) as maxid
             from wineries
             group by email
             having count(*) > 1
            ) we
            on we.email = wineries.email and
               wineries.id < we.maxid;

Nebo to napište jako exists klauzule:

delete from wineries
    where exists (select 1
                  from (select email, max(id) as maxid
                        from wineries
                        group by email
                       ) we
                  where we.email = wineries.email and wineries.id < we.maxid
                 )