aktualizovat tabulku daty z jiné tabulky, pokud není null?

Aktualizaci byste měli provádět pouze u takového spojení

UPDATE
t1 INNER JOIN t2 ON t1.variant_id = t2.variant_id
SET t1.product_code = t2.value
WHERE t2.key_id = 10
AND t2.value IS NOT NULL

V takovém případě se nemusíte bát nul, protože vnitřní spojení vybere pouze řádky, kde v obou tabulkách existuje varianta_id.