Můj problém byl vyřešen, když jsem přidal spring.datasource.separator=^;
v application.properties
a každý řádek mimo proceduru/spouštěč by měl být ukončen znakem ^;
Příklad takto:
DROP TRIGGER IF EXISTS Persons_log_update ^;
CREATE TRIGGER Persons_log_update
BEFORE UPDATE ON Persons
FOR EACH ROW
BEGIN
INSERT INTO Personshistory(PersonID,LastName,FirstName,Address,City)
values(OLD.PersonID,OLD.LastName,OLD.FirstName,OLD.Address,OLD.City);
END ^;