Určitě bych šel do ORM, alespoň pokud pracujete na velkém projektu, pro který nechcete používat mysqli_* nebo přímo funkce/metody PDO -- Doktrína
je v současné době nejrozvinutější/nejpoužívanější (Je to výchozí ORM frameworku symfony a lze jej celkem snadno integrovat do Zend Framework) .
O E_DEPRECATED chyby, ačkoli:PHP 5.3 je poměrně mladé a mnoho knihoven/softwaru/projektů ještě nebylo upraveno – pravděpodobně jich budete mít v příštích několika měsících spoustu :-(