Pravděpodobně byste použili IN klauzule ve vašem DELETE :
DELETE FROM `EmployeeTable` WHERE EmployeeID IN (2, 3, 4, 5, ...)
To lze implementovat pomocí String.Join způsob generování seznamu:
var query = "DELETE FROM `EmployeeTable` WHERE EmployeeID IN (" +
String.Join(",", myArray) + ")";