Řešení bylo nakonec jednoduché.
Export z MySQL 5.5. (exportovaný soubor je 114 GB)
Odinstalujte MySQL 5.5 (odstraňte všechny datové soubory)
Nainstalujte MySQL 5.6
Importovat data
Export z MySQL 5.6 (exportní soubor má nyní 13 GB)
Odinstalujte MySQL 5.6 (odstraňte všechny datové soubory)
Nainstalujte MySQL 5.6
Importovat data