Řekl bych, že do vlastnosti indexes můžete vložit více indexů (ale neměl jsem čas to otestovat):
indexes={
@ORM\Index(name="index_name", columns={"database_column1","database_column2"}),
@ORM\Index(name="index_name2", columns={"database_column1"}),
@ORM\Index(name="index_name3", columns={"database_column2"})
}
Doufám, že vám to pomůže