I když je příspěvek velmi starý, zveřejnění mého řešení mi trvalo asi 2 hodiny, než jsem na to přišel, a někomu to může pomoci ušetřit čas.
Můžete zkusit udělat:
shell> mysqld --initialize
Tím se inicializuje datový adresář v cestě, kam jste nainstalovali MySql server. Obecně umístěn na C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 8.0.
Doufám, že to někomu pomůže.