Zkuste přidat index do (DUEDATE_, REVERSEPRIORITY_) v tomto pořadí. Stále bude používat řazení souborů (myslím), ale na mnohem méně řádcích.
Zkuste také OPTIMIZE TABLE table_name vaši tabulku a CHECK TABLE table_name vaši tabulku (takže mysql přepočítá hodnoty indexu).
To vše je jen vzdělaný odhad.