Nejlepší možností pro vás je zachytit podmínky vyhledávání, které nelze provést.
V MySQL počínaje 5.7.8 existuje nastavení max_execution_time .
Můžete také vymyslet nějaký cron skript, který kontroluje SHOW PROCESSLIST a zpracovávat dotazy, které se zpracovávají déle, než je váš časový limit.