Za předpokladu, že se každé id objeví v obou tabulkách (ideálně pouze jednou):
update tmpList inner join table1 using (id) inner join table2 using (id)
set table1.ts = tmpList.ts_value, table2.ts=tmpList.ts_value;
Aktualizace:prostým použitím levých spojení místo vnitřních spojení to funguje i pro id, která jsou pouze v jedné tabulce - zdá se, že nepoužitelná klauzule set je prostě přeskočena; Zřejmě jsem to měl zkusit dříve.