Z vámi poskytnutého trasování zásobníku mohu vyvodit jediný závěr:jednoduše vám dochází připojení.
To může být způsobeno dlouho probíhajícími transakcemi, pravděpodobně kvůli pomalým dotazům nebo nesprávným aplikačním hranicím transakcí.
Navrhuji, abyste začali používat FlexyPool , který podporuje Tomcat DBCP a lépe porozumí jak připojení, tak využití transakcí. FlexyPool poskytuje mnoho histogramy by vás mohlo zajímat, jako je doba získání připojení a doba pronájmu.
Pro jistotu zkontrolujte také verzi ovladače MySQL a zjistěte, zda nepoužíváte zastaralou knihovnu.