PHP:PDO Query nevrací žádné výsledky, ale stejný dotaz vrací 4 výsledky v phpmyadmin?

Myslím, že jste parametry neuváděl v jednoduchých uvozovkách. Zkuste tento kód

$query = "SELECT `ent`.`Entity_Id`, `ent`.`Profile_Pic_Url`, `ent`.`First_Name`, `ent`.`Last_Name`, `ent`.`Last_CheckIn_Place`, `comments`.`Content`
      FROM   `checkin_comments` AS `comments`
      JOIN   `entity` AS `ent`
      ON     `comments`.`Entity_Id` = `ent`.`Entity_Id`
      LEFT JOIN `friends` AS `f`
      ON     `ent`.`Entity_Id` = ':entityId'
      WHERE  `comments`.`Chk_Id` = ':checkInId'
      AND    `f`.`Category` != 4
      GROUP BY `comments`.`Comment_Id`
      ";

// Bind the parameters to the query
$data = Array(":checkInId" => (int)$checkInId, ":entityId" => (int)$userId);

Doufám, že to pomůže.