Vidím dvě možná řešení vašeho problému:
Vynechejte ENTRYPOINT pro obraz MySQL
Najděte název svého obrázku spuštěním docker images
pak spusťte:
docker run -it --entrypoint="/bin/sh" OPTIONS image
To by vás mělo dostat do bash uvnitř kontejneru a odtud můžete provádět všechny příkazy, které chcete najít svůj my.cnf
soubor. I když nevím, zda úprava souboru odtud, uložte jej a zkuste jej spustit znovu, bude fungovat. Nezkoušel jsem.
Smažte starý obrázek a použijte správný způsob k úpravě souboru my.cnf
soubor
Najděte název svého obrázku spuštěním:docker images
a poté jej smažte spuštěním docker rmi <image_name>
Zkontrolujte dokumentaci pro výchozí obrázky MySQL na MySQL Dockerhub je v tom docela přímočarý a cituji:
Od tohoto bodu a pokud vytvoříte my.cnf
soubor na vašem hostiteli, pak už nikdy nenarazíte na tento problém, protože soubor můžete upravovat, kolikrát chcete.