po vytvoření jar souboru selže připojení k databázi

Zde je řešení,
následuje obsah souboru manifest.txt

Main-Class: filename
Class-Path: . mysql-connector-java-5.1.33-bin.jar

konektor mysql-connector-java-5.1.33-bin.jar musí být ve stejném adresáři, aby jej obsahoval soubor jar.
Tento konektor lze snadno stáhnout nebo jej lze nalézt ve složce mysql pod programovými soubory
Poté z cmd musí být proveden příkaz

jar -cvfm jarfilename.jar manifest.txt *.class

Na základě vašeho souboru třídy a manifestu bude vytvořen nový soubor jar, poté jej lze snadno spustit dvojitým kliknutím a server bude reagovat stejně jako v režimu cmd.