Jak zvýšit pole v MySql pomocí ON DUPLICATE KEY UPDATE při vkládání více řádků?

Úplně stejným způsobem!

INSERT INTO table 
  (a, counter_elem) 
VALUES 
  (1, 1),
  (2, 1)
ON DUPLICATE KEY UPDATE counter_elem = counter_elem + 1;

V tom není žádný problém!