Použijte lsof -i TCP:3306 nebo netstat -lp | grep 3306 zjistit, co už na portu 3306 poslouchá – něco na něm musí naslouchat.
Můžete zvážit zobrazení serveru na jiném portu (upravte soubor my.cnf a změňte tam výchozí port).
Možná to budete muset spustit jako root, tj. sudo lsof -i TCP:3306