Souhlasím s cgwyllie, měli byste napsat webovou službu, která bude fungovat jako API pro vaši databázi s metodami vracejícími JSON (nebo XML).
Metody webové služby pak lze volat z vašeho projektu PhoneGap (doporučoval bych podívat se na jquery ajax api http://api.jquery.com/jQuery.ajax/ ).
Napsal bych webovou službu v PHP nebo v jakémkoli jazyce, který znáte.