Nemusíte se ke stejné tabulce připojovat dvakrát. Ale stačí rozšířit ON
klauzule:
$this->db->select();
$this->db->from('we');
$this->db->join('schedule', 'schedule.itemid = we.cid AND schedule.itemtype = \'testitem\'');
$this->db->where('we.isActive','Y');