Ptali jste se na to už dávno, a tak to pro vás možná již není relevantní, ale uvedu zde způsob, jak to udělat, aby byl přínosem pro ostatní.
V Workbench otevřete vlastnosti připojení. Na záložce Připojení vyberte záložku Upřesnit. Zde přidejte následující dvě možnosti do sekce Ostatní (samozřejmě změňte umístění readDefaultFile na umístění vašeho my.ini).
readDefaultFile=C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.7\my.inireadDefaultGroup=client
Nyní by otevírání připojení mělo číst klientskou sekci z tohoto my.ini podle potřeby.