Můžete upravit celý řetězec. .
Mám na mysli pouze použití funkce str_replace
např.
$string = "skype,teamviwer,notepad";
$old_value = "skype";
$new_value = "facebook";
$new_string = str_replace($old_value,$new_value,$string);
Pak jednoduše aktualizujte tento nový řetězec do databázové tabulky. .