Ve většině případů, když se při přechodu z WAMP na LAMP objeví chyby, je to otázka rozlišení malých a velkých písmen. Protože Windows není CS, ale Linux se může hodně rozbít.
Já bych:
- Zkontrolujte malá a velká písmena u tříd/stránek, které působí nahoru
- Zkontrolujte pravidla .htaccess (nebo je dočasně odstraňte), abyste ověřili nepřítomnost chyb.