Můžete to udělat přímo v DB pomocí MySQL SUBTIME()
// from the manual
mysql> SELECT SUBTIME('2007-12-31 23:59:59.999999','1 1:1:1.000002');
-> '2007-12-30 22:58:58.999997'
Nebo můžete získat čas z MySQL a udělat to na PHP pomocí DateTime::sub()
// again from the manual
<?php
$dateA = date_sub('2000-01-20', date_interval_create_from_date_string('1 second'));
?>