Zapomeňte na smyčkování. Udělejte toto:
select concat( 'alter table ', a.table_name, ' add index `fields` (`field`);' )
from information_schema.tables a
where a.table_name like 'table_prefix_%';
Potom vezměte sadu výsledků a spusťte ji jako skript SQL.
BTW, pravděpodobně máte na mysli create index index_name on table_name( column_name);