Jaký primární klíč jste použili?
InnoDB používá seskupený index, takže všechna data jsou ve stejném pořadí jako jeho indexy primárního klíče.
pokud nepoužijete primární klíč typu automatického přírůstku, pak pro každé vložení provede operace s velkým diskem. vloží všechna ostatní data a vloží nový prvek.
pro delší reference zkuste zkontrolovat http:/ /dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/innodb-table-and-index.html