Nejpravděpodobnější příčinou je výpadek vašeho spojení s databází (firewall, konfigurace serveru...) a Rails si toho nevšiml, takže uvnitř ActiveRecord::QueryCache dojde k vypršení časového limitu . Jakmile si Rails všimne, že spojení přestalo fungovat, znovu se připojí a proces provádění pokračuje.
Zkuste nastavit parametr read_timeout ve vašem database.yml soubor na přibližně 10 sekund a zkontrolujte připojení a nastavení serveru.