Přemýšleli jste o použití klauzule „IN“ na MySQL?https://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/comparison-operators.html#function_in
Pravděpodobně byste měli něco jako:
$query = "SELECT * FROM ".$wpdb->usermeta." WHERE meta_key='company' AND meta_value IN ('".implode("', ', $brand)."')";
(upravit: zapomněli přidat závorku kolem obsahu „in“)