Vidím dva problémy:
Údržba – pokud máte tisíce databází, bude obtížné provádět změny v databázi (změnit strukturu tabulky, upravit SP atd.). Jistě, můžete změny skriptovat, ale u mnoha databází je mnohem více šancí, že se něco pokazí. Co uděláte, pokud váš skript selže v polovině a zůstanete s některými databázemi, které změny mají, a některými ne? Také, jak uvedl jiný plakát, jak je to s údržbou věcí, jako jsou připojovací řetězce, přihlašovací údaje/hesla atd.?
Zdroje – Nejsem si jistý, jaké zdroje jednotlivé instance databáze používají, ale provozování tolika databází musí mít určitou režii. Pokud jej rozdělíte na několik počítačů, opět narazíte na výše uvedený problém údržby.