Hodně jsem používal MS SQL Server. Hlavním rozdílem je, že MS SQL Server funguje pouze s platformou Windows. MySQL funguje se všemi platformami. MySQL je open source a nyní ho koupil Oracle, takže nikdo nezná osud MySQL. Pokud pracujete s platformou .NET nebo Windows, doporučil bych pracovat s MS SQL, jinak jasnou volbou je MySQL. LAMP používá MySQL. Velké společnosti jako Facebook používají LAMP a tedy MySQL. Mnoho bank jako Chase používá .NET a tedy většinou MS SQL Server. Pokud jste fanouškem Windows, jděte na MS SQL server. Pokud jste člověk, který věří v Open source, jděte na MySQL.