Pokud provedete UPDATE LOW_PRIORITY table ... zajistíte, že aktualizaci provede pouze tehdy, když nedělá nic jiného. Kromě toho si nemyslím, že v MySQL je mnoho možností.
Také to nyní dělá problémy nebo jen optimalizujete něco, co není problém? Osobně, pokud bych dávkoval aktualizace jako tyto, jednoduše bych vložil všechna ID do memcached a použil cronjob k aktualizaci každých 5 minut.